日本の多くの開票所では、票を数えたあと、100票束を5つまとめた「500票束」にし、その束の候補者名と票数を書いたバーコード付きの紙を上に載せて輪ゴムで縛り、バーコードリーダーで読み取って集計する方式が採用されています（例：大分県選管の文書 [1] や、元選管職員の開票解説[2])

ところが、バーコードの中身は人間の目では読めません。票の束に「A候補」と書かれていても、バーコードの設定さえ変えれば、システム上は「B候補の500票」として集計することも理論的には可能です。 現在、バーコードを生成するソフトウェアや、読み取った後に集計するシステムの仕様・プログラムは公開されておらず、市民や立会人が独立して検証する手段もほとんどありません。[3][4]

票の束とバーコードが「本当に一致しているか」を、市民の側からも確認できる仕組みを作らない限り、「途中で差し替えているのではないか」という疑いが生まれ続けるのは、ある意味では当然だと言えるでしょう。[2][1][3]

情報源
[1] 目 次 ○選挙管理委員会告示 https://www.pref.oita.jp/uploaded/attachment/2187605.pdf
[2] 【開票】票がどうやって”結果”になるか｜見波祐哉 https://note.com/unipoll_senkyo/n/n0067a49fca63
[3] ”ムサシの開票集計システムはバーコードもプリントする～これ ... https://ameblo.jp/ameba20091/entry-12613565279.html
[4] 選挙システム 開票支援システム https://www.kkc-net.co.jp/products/package/%E9%81%B8%E6%8C%99%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%A0%E3%80%80%E9%96%8B%E7%A5%A8%E6%94%AF%E6%8F%B4%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%A0/